Genji ist der jüngste Sohn des Oberhaupts des Shimada-Clans und wurde von Kindheit an in der Kunst des Schwerkampfes unterrichtet. Er wurde von Schwertmeisterin Asa Yamagami ausgebildet und freundete sich mit ihrer jungen Tochter Kiriko an. Obwohl Genji seine Ausbildung zum Ninja mit Leidenschaft verfolgte und sich darin hervortat, interessierte er sich nicht sonderlich für die illegalen Geschäfte seiner Familie und lebte viel lieber als Playboy. Viele innerhalb des Clans sahen in dem sorglosen Sohn einen Risikofaktor und nahmen es seinem Vater übel, dass er ihn verhätschelte und beschützte. Nach dem vorzeitigen Tod des Clanoberhaupts forderte Genjis älterer Bruder Hanzo, er solle eine aktivere Rolle im Imperium ihres verstorbenen Vaters einnehmen. Genji lehnte ab, was Hanzo in erzürnte. Die Spannungen zwischen den Brüdern steigerten sich zu einer gewaltsamen Konfrontation, die Genji beinahe das Leben kostete.

Hanzo glaubte, seinen Bruder getötet zu haben, aber Genji wurde von Overwatch und durch das Eingreifen von Dr. Angela Ziegler gerettet. Die globale Sicherheitstruppe sah in Genji einen möglichen Verbündeten bei ihren anhaltenden Operationen im Kampf gegen den Shimada-Clan. Als der schwer verletzte Genji mit dem Tod rang, bot ihm Overwatch an, seinen Körper im Gegenzug für seine Hilfe wiederherzustellen. Er wurde einem umfangreichen kybernetisierenden Prozess unterzogen, der seine natürliche Schnelligkeit und Beweglichkeit verbesserte und seine überragenden Ninjafähigkeiten steigerte.

Der nun in eine lebende Waffe verwandelte Genji schloss sich Blackwatch an machte sich zielstrebig daran, das kriminelle Imperium seiner Familie zu zerschlagen. Nach Abschluss seiner Mission wandte er sich komplexeren Pflichten zu und war sogar Teil des berüchtigten Venedig-Vorfalls, der zur öffentlichen Untersuchung und Suspendierung des Teams führte.

Allerdings brachte Genji nicht viel Zeit auf der Ersatzbank zu. Die Führungsspitze von Overwatch ermutigte ihn, sein Agententraining fortzusetzen, um sich dem größeren Strike Team anzuschließen, und so machte Genji gemeinsam mit Tracer und Winston seinen Abschluss. Nach erfolgreichen Missionen in Havanna und Singapur konnten Genji und sein Team Doomfist gefangen nehmen, der damals an der Spitze der Fahndungsliste von Overwatch stand. Doch als Overwatch in Ungnade fiel, fühlte auch Genji sich immer zerrissener. Er konnte keinen Frieden schließen mit allem, was sich zwischen der schicksalhaften Nacht in Hanamura und seinem Agentenleben bei Overwatch zugetragen hatte. Zum zweiten Mal ließ er sein altes Leben hinter sich und zog auf der Suche nach einem Sinn durch die Welt. Er wanderte viele Jahre lang ziellos umher, bis er dem Omnic-Mönch Zenyatta begegnete. Im Laufe der Zeit wurde Zenyatta zu seinem Mentor und unter der Anleitung des Mönchs gelang es Genji, seine Erlebnisse und kybernetischen Implantate als Geschenk und einzigartige Stärke anzusehen.

Die Wege der Shimada-Brüder sollten sich an Genjis vermeintlichem Todestag erneut kreuzen. In Schloss Shimada, ihrem alten Zuhause, das mittlerweile der Hashimoto-Clan übernommen hatte, enthüllte Genji, dass er ihre schicksalhafte Begegnung überlebt hatte. Genji ließ seinen älteren Bruder wissen, dass er ihm bereits vergeben hatte, doch Hanzo nun den Pfad der Selbstvergebung beschreiten müsse. Da Genji mittlerweile selbst über sein Schicksal entscheidet, stellt er sich erneut in den Dienst von Overwatch und eilt an der Seite seiner alten und neuen Kameraden einer Welt zu Hilfe, die von Krisen gebeutelt ist.